水俣湾附近发现了一种奇怪的病。这种病症最初出现在猫身上，被称为“猫舞蹈症”。病猫步态不稳，抽搐、麻痹，甚至跳海死去，被称为“自杀猫”。
水俣湾入江村一名5岁女童出现口齿不清、走路困难、突然狂叫等症状，医院5月1日正式上报这种“中枢神经系统怪病”。女童稍后死亡。当地村民陆续出现这些症状，死亡病例增加。一些研究人员发现，病因是窒素公司一家氮肥厂排放含汞工业废水，致使水俣湾附近海域鱼和贝类体内形成甲基汞等有机水银化合物，经食物链进入人体，严重侵害神经系统和身体其他部分。
这种“怪病”就是日后轰动世界的“水俣病”，是最早出现的由于工业废水排放污染造成的公害病。

这个公司开始生产氯乙烯（C₂H₃Cl），年产量不断提高，1956年超过6000吨。与此同时，工厂把没有经过任何处理的废水排放到水俣湾中。

日本氮肥公司在日本熊本县建厂，后又开设了合成醋酸厂。