邓宝珊在北京病逝，终年74岁，邓宝珊去世后，关于他的骨灰盒存放何处，也有过不同意见。后来，周恩来出来说话了：“邓宝珊先生在延安时就是我们的老朋友，他为北平和平解放作过贡献，他是对中国革命和建设有功的人。”在周恩来的干预下，邓宝珊的骨灰盒最后安放在八宝山革命公墓。

邓宝珊率部起义。新中国成立后，历任西北军政委员会委员，甘肃省人民政府主席，甘肃省省长；全国政协第一届委员，第一、二、三届全国人大代表，第三、四届民革中央副主席和全国政协常委。

西安事变”发生，邓宝珊积极支持张学良、杨虎城两将军提出的八项主张，有力配合了事变的和平解决。张学良将军被扣南京后，蒋介石派三路大军准备进占西安，杨虎城将军处境困难，电邀邓宝珊赴西安协助处理。他到西安后，努力协调各派之间的工作，对避免内战、稳定局势，贯彻中国共产党的主张起到积极的作用。
毛泽东同志曾致信邓宝珊:“八年抗战，先生支撑北线，保护边区，为德之大，更不敢忘。”对邓将军给予了很高的评价。

中国共产党发表《八一宣言》后，邓宝珊积极拥护中国共产党“团结一致，共同抗日”的正确主张，在晋、冀、鲁奔走呼吁各方团结抗日。

任国民联军援陕前敌副总指挥、国民联军驻陕副总司令、国民党陕西绥靖公署驻甘肃行署主任、代理甘肃省主席、杨虎城部新编第1军军长等职。

参加冯玉祥领导的国民军，任第二军旅长、师长。

在陕西任靖国军第四路营长、团长、副总司令。