1960年1月19日，日美双方签订《日美共同合作和安全条约》。又称《新日美安全条约》。日本和美国继《日美安全条约》后的又一干事同盟条约。1960年1月19日日美双方于华盛顿签订了《日美共同合作和安全条约》，6月23日生效。
    条约共10条，主要内容为：美国继续有权在日本驻扎军队和使用军事基地；日美两国将通过“有效的自助和互助”，“维持并发展它们抵抗武装进攻的能力”；在日本领土上日美任何一方遭受武装进攻时，双方将“采取行动以应付共同的危险”；条约的有效期为10年。在条约期满时，1970年6月23日，佐藤荣作内阁通知美国政府，宣布自动延长该条约的有效期。

    1960年5月19日，日本国会就修改1951年同美国签订的《日美安全条约》。
    5月19日，日本国会在议会中开展了激烈的辩论。反对者和支持者在辩论中互不相让，整个会场秩序混乱，不得不出动警察维持秩序。最后，议长在保护下被拖到椅子上大声宣布，通过修改条约的决议。

    1960年6月19日，日本首相岸信介下台。
    6月19日，日本首相岸信介宣布《日美共同合作与安全保障条约》“自然成立”，并于6月23日在东京与美方交换批准书。岸信介的这一行动遭到日本人民强烈反对，各地先后举行声势浩大的示威游行，在这强大压力下岸信介被迫下台。

    1960年7月14日，日本首相岸信介遇刺。
    岸信介1896年生，山口县人。东京大学德法语系毕业。1936年任伪满洲国工业部部长。1940年回国后任商工省次官、东条内阁商工相、战后被定为甲级战犯入狱，1952年获释，当选众议员。1954年任日本民主党干事长，次年任自民党干事长，1956任石桥内阁外务大臣，1957年2月石桥因病辞职后就任总理大臣。
    岸内阁推行追随美国、敌视中国，向东南亚经济扩张的方针，1960年6月19日强行修改《日美安全条约》，并于6月23日在东京与美方交换批准书。岸信介的这一行动遭到日本人民的强烈反对，各地先后举行声势浩大的示威游行，国内动荡不安，在这强大压力下岸内阁面临危机。
    1960年7月14日，岸信介参加自民党新任总裁池田勇人招待会，被右翼团体“大化会”成员荒牧退助刺伤，次日岸内阁总辞职。

    1960年10月12日，日中友好人士浅沼稻次郎遇刺身亡。
    浅沼稻次郎（1898～1960），日本社会党前委员长、前众议员。东京都人。1923年早稻田大学政治经济系毕业。在校期间曾组织学生运动。毕业后参加工人运动和农民运动。曾加入矿工工会，因参加足尾铜山罢工而被捕入狱。1925年参加组织农民劳动党并任该党书记长。该党解散后参加日本劳农党。1930年任全国农民组合斗争部长，指导农会运动。1931年全国劳农大众党成立时，任该党中央执行委员兼组织部长。1932年任社会大众党中央执行委员及组织部长。1933、1937年两次当选为东京市议会议员，1936年起多次当选为众议员。
    二次大战时期，曾参加“圣战贯彻议员联盟”，并出任东条内阁“国家总动员审议会”委员。战后参加建立日本社会党，任该党中央执行委员兼组织部长，1947年任该党书记长。1948年当选东京都议会议员，后任副议长。1951年社会党分裂为左右两派，他被选为右派社会党总书记。1955年两派重新合并时任社会党书记长，1960年任社会党委员长。
    1957年率社会党亲善使节团访问中国，并同中国人民外交学会签署了以促进恢复日中邦交、反对制造两个中国阴谋为主要内容的共同声明。1959年访华时，在反对“两个中国”的问题上，态度更加明确。1960年10月12日被右翼暴徒山口矢二刺杀。

    1963年1月1日，《铁臂阿童木》首播。
    《铁臂阿童木》是日本的动漫，是日本手冢治虫先生的作品，1961年，手冢治虫创办了虫制作公司，首先把《铁臂阿童木》制成动画，从1963年元旦起在电视台播放。这是日本第一部电视连续动画片。这部动漫在电视台连续播放4年，一直保持很高的收视率。日本电视广播网公司(NTV)在1980年重新绘制了阿童木(《鉄腕アトム》彩色版，共52集)，1980年代在香港播放了此版本。同年12月中央电视台引进黑白“虫制”版的《鉄腕アトム》播放(命名为《铁臂阿童木》)，阿童木也是引进内地的日本动画作品之一，播出后十分成功。

    1964年10月1日，日本新干线通车。
1964年10月1日，日本东京至新大阪间东海道超高速铁路（新干线）剪彩通车。1933年7月日本政府曾计 划开设东京至下关宽轨新干线铁路，后因战争中止。1957年8月运输省决定敷设东京至新大阪间的东海道新干线。195 9年4月，新丹那热海口工程破土动工，历时5年开通，总工程费3千8百亿日元，干线全长约500公里，最高时速210 公里，从东京到大阪只需3小时10分钟。此后山阳新干线、东北新干线、上越新干线等也先后开通，成为日本经济高速发展的象征。

    1964年10月10日，第18届奥运会在东京开幕。
    开幕1964年10月9日，奥林匹克火焰首次在亚洲点燃，这一年也是现代奥林匹克运动复兴70周年。开幕式上，出生于广岛原子弹爆炸那天的日本大学生坂井义则点燃了象征和平的奥林匹克火焰。

    1965年6月22日，日本和南朝鲜（大韩民国）在东京签订该条约，建立外交关系。
    1948年朝鲜分裂为两个国家，美国要求日本与南朝鲜（大韩民国）单独建交。1951年10月，日韩建交预备会议开始。自1952年2月至1964年4月，日韩举行6次正式会谈，但因清算日本殖民统治、财产请求权、战争赔偿、捕渔范围、旅日朝鲜人地位、竹岛归属等纠纷，谈判一再陷入僵局。
    1964年美国出于侵越战争的需要，极力撮合形成以《日美安全保障条约》为轴心的“日韩命运共同体”。在这种情况下，日韩在同年12月开始的第7次会谈中相互妥协，1965年2月双方草签《日韩基本条约》。同年6月22日在日本首都东京正式签约。
    条约规定：1910年日韩合并以前缔结的条约一律无效；根据联合国《第195号决议》承认韩国政府为朝鲜唯一合法政府，施政范围在北纬38度线以南；互设大使馆和领事馆等。
    同日双方还签订了《渔业协定》、《关于解决请求权问题与经济合作的协定》、《关于旅日南朝鲜人地位的协定》、《关于文化遗产与文化合作的协定》等。根据上述条约和协定，日本政府在10年内向韩国赔偿3亿美元，贷款2亿美元及赊销贷款3亿美元。

    1968年8月8日，日本心脏移植手术引起震惊。
    患者宫崎信夫（18岁）进行了这一手术。信夫因患心脏瓣膜症，在学生时代就免修体育课。1964年以后病情加重，完全卧床不起了。患有二尖瓣膜闭锁不全、三尖瓣闭锁不全、大动脉瓣狭窄等多种病症，心脏异常肥大。
    和田博士于1968年8月8日上午2时5分亲自执刀，另有20人的医师队伍辅助，开始了心脏移植手术。仅用13分钟打开胸腔，取出肥大的心脏，又用45分钟成功地把健康的心脏移植完毕。信夫在施行心脏移植手术后感觉良好，又活了83天，于10月29日下午死亡。对于他的死因，和田博士说：“没有排斥反应，只是因为曾患血清肝炎，身体虚弱，加之并发了气管炎。”
    这次心脏移植成功是医学发展的巨大进步，在世界医学史上具有重要意义。”但是，另一方面，也有人以“无视排斥反应、进行人体实验”等理由提出反对意见。

    1969年9月11日，日本恐怖组织“赤军”成立。
    日本赤军是1969年9月成立的日本极左的恐怖主义组织。其成员主要由20世纪60年代末学生运动中的一些极端分子组成。其宗旨以城市游击战为手段，进行“世界革命斗争”。进行了一系列恐怖活动。
    1970年9月劫持日本航空公司“淀”号客机；1972年5月袭击以色列特拉维夫机场，杀死旅客数十人；1973年7月劫持日本航空公司一架波音747飞机；1974年2月袭击新加坡壳牌石油公司，占领日本驻科威特大使馆；1974年9月袭击法国驻海牙大使馆；1975年8月在美国驻马来西亚吉隆坡领事馆扣押了52名人质，要求释放被捕的5名成员，日本政府作了让步；1977年9月把一架日本民航客机动持到孟加拉国达卡，迫使日本政府释放5人并付出6百万美元赎金。80年代以来活动较少。据估计，其基本成员30人左右，在日本国内有支持者100余人。与巴勒斯坦一些极端分子及其组织有密切联系。